吳獻章在臺灣大學土木研究所就讀期間，於南京東路禮拜堂信主、受洗。1989年取得美國伊利諾大學香檳城理論應用力學博士學位，之後赴芝加哥三一神學院進修道學碩士及舊約神學博士。

畢業回國後，他在中華福音神學院任教，專授舊約課程，曾任研發處長。現任教牧宣教研究中心主任、宣教博士科主任、教牧博士科主任及兼任舊約教授。

他經常受邀至各教會傳講信息，參與研經培靈會、華福會及讀經會等聚會，曾在華神院訊被譽為「講道頗具群眾魅力，講章例證洋洋灑灑，是二十世紀臺灣教會的培靈奮興家」。

他常把握機會領人禱告，雖是神學家與牧者，卻自喻為一個生命被神轉過彎的蒙恩罪人。